Mulai 4 September 2017, pejabat MAIWP cawangan Putrajaya mula beroperasi. Pejabat ini terletak di Aras 3, Blok D Jalan Tunku Abdul Rahman, Presint 3, Kompleks Islam Putrajaya.

Pembukaan MAIWP cawangan Putrajaya adalah bagi membesarkan lagi fungsi sedia ada. Pejabat ini pada asalnya dibuka sebagai Pusat Agihan Zakat MAIWP cawangan Putrajaya yang memfokuskan kepada aktiviti agihan zakat.

Menyedari keperluan semasa, maka pejabat ini telah dinaiktaraf kepada MAIWP cawangan Putrajaya. Urusan yang boleh dilakukan di sini meliputi permohonan bantuan zakat, terimaan bayaran derma, kaffarah & fidyah, urusan wakaf, pusaka dan serahan harta bernilai yang dijumpai (luqatah).

MAIWP menempatkan seramai 8 orang pegawai yang diketuai dengan seorang Pengurus gred S44 iaitu Puan Wan Maizatun Binti Wan Hassan.